The master-studies are typically performed in English, i.e. the lectures are usually hold in English, the examinations might be taken in English or German and the same holds for the master-thesis.
All details are given in the Wegleitung, although at the present in German only.
Wegleitung (html) (zur Studienordnung vom 12. Februar 2002)
Wegleitung (PDF) (zur Studienordnung vom 13. Februar 2007)
The master-studies take typically 3 semesters.
The relevant rules are
Ordnung für das Studium der Chemie, and
Rahmenordnung für die Bachelor- und Masterstudiengänge on the level of the "Fakultät".
Diese Formulare befinden sich auch unter:
http://philnat.unibas.ch/dokumente/